Regio Twente wordt bestuurd door een algemeen en een dagelijks bestuur.
Algemeen bestuur
Het algemeen bestuur is de 'gemeenteraad' van Regio Twente. Zij heeft vijftien leden, bestaande uit collegeleden van de samenwerkende gemeenten.
Dagelijks bestuur
Het dagelijks bestuur van Regio Twente is verantwoordelijk voor de dagelijkse gang van zaken binnen Regio Twente. De voorzitter van het dagelijks bestuur is tevens voorzitter van het algemeen bestuur.
Bestuurscommissies
Daarnaast worden enkele domeinen van Regio Twente bestuurd door bestuurscommissies. Deze commissies oefenen op hun taakveld de bevoegdheden uit van het dagelijks bestuur.
Portefeuilleberaden
Het algemeen bestuur van Regio Twente wordt geadviseerd door diverse portefeuilleberaden, waarin collegeleden uit de gemeenten zitting hebben. Daarnaast is er de commissie Grens Twente waarin Twentse afgevaardigden naar de diverse Euregio-organen een gemeenschappelijk standpunt bepalen over besluiten die binnen Euregio worden genomen.
